ناصررفیعی محمدی در سال ۱۳۴۴ در شهر مقدس قم درخانواده ای مذهبی متولد شدم. تحصیلات ابتدایی، راهنمایی و متوسطه را در این شهر گذرانده ودر سال ۱۳۶۲ موفق به اخذ دیپلم در رشته علوم تجربی از دبیرستان صدوق شدم .
در سالهای انقلاب شکوهمند اسلامی در جنبش دانش آموزی وجلسات مذهبی سیاسی با پخش اعلامیه وشرکت در تظاهرات در حد وسع واقتضای سن نوجوانی شرکت داشتم . بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نیز با حزب جمهوری اسلامی شاخه دانش آموزی همکاری می نمودم . درسال ۱۳۶۲ با اخذ دیپلم وارد حوزه مقدسه قم شدم. طی ۵ سال دوره سطح را تا پایان کفایه به اتمام رسانده کلیه امتحانات ان را با موفقیت گذراندم و در پایه پنجم از امتحانات با کسب رتبه اول در آزمون شورای مدیریت حوزه یک دوره بحارالانوار از حضرت امام خمینی (ره) به عنوان جایزه دریافت نمودم.
دروس سطح را نزد اساتیدی چون آیات عظام وجدانی فخر، اعتمادی، پایانی، دوزدوزانی، صلواتی، راستی، کاشانی و ستوده تلمذ نمودم. از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۳ در دروس خارج آیات عظام فاضل لنکرانی، مظاهری وصانعی شرکت داشتم.
همچنین ضمن گذراندن دروس اصلی حوزه دروس جنبی را نیز نزد اساتید متعددی خواندم به عنوان مثال فلسفه (نهایه الحکمه) نزد استاد آیت الله صالحی مازندرانی (ره) علوم قرآن نزد آیت الله معرفت، شرح تجرید نزد آیت الله استادی، تفسیر نزد آیت الله جوادی، رجال نزد آیت الله سبحانی تلمذ گردید.
درسالهایی که به دروس حوزه مشغول بودم موفق به اخذ لیسانس الهیات از دانشکده باقر العلوم وفوق لیسانس از دانشگاه قم گردیده ودر سال ۱۳۷۳ با قبولی در آزمون دکتری در رشته علوم قرآن وحدیث در تهران مشغول تحصیل در این دوره شدم .سال ۱۳۷۷ بادفاع از رساله موفق به اخذ دکتری با رتبه عالی گردیدم.